修行的道路是很長遠的，修行的過程也不會是平坦順利的，不是掌握了方法，確定了目標就已經解決了；乃至上路了，漸修漸進時，也還是有著不少的問題及障礙會出現的。在止觀法門的教導中，老師的責任並不是在教導一個方法而已，對於修學者在修學過程的種種身心狀態，以及各種身心在調整及修練的過程所出現的反應，都應有一定的了解，乃至協助學員會處理這些問題。
修行止觀是一種專精而深細的身心磨練、調整、改變、提昇乃至開悟的法門。因此法門中種種方法的應用上，都不可能一蹴而就，間中也必須克服及解決許多問題及障礙，才能漸次完成目標。
我們的身心在平常的狀態，也已有了粗與細的不同。一個身心狀況粗的人，即是身體健康較有問題，心理較粗的狀況則顯示了情緒上的不穩定，心智的幼稚，思考上的膚淺，行為及言談上的粗俗，還經常喜歡胡思亂想，妄念多而雜等等，身心較細者則生理較健康，心理平衡、穩定、深細思考、心智成熟。
但無論如何，平常的身心狀況真正從修道角度來看，仍然還是較粗的，即使是身心較細者，因其思考層面及資訊來源仍然從外在的種種境界，通過五根的接收傳達而來，故若不能讓心調得更深細，其狀況仍然是不夠細的，何況在平常身心即呈現為粗狀況者。
修行禪定方法即是在將粗調至細的一個過程，並將身心在調整後能安住於較細較深的境界，並依此身心狀況來面對生活，處理種種的事務。在調整的過程中，從粗至細，層層深入，間中會有種種因身心的狀況在調整中會出現的反應。這些反應有正也有負，正面的反應顯現了修行深入的順暢及進步，負面的反應顯示了身心種種障礙，包括了病況，潛伏性的傷、病，及內臟的種種問題，心理上的不平衡，壓力及種種惡性心理作用及以往惡業造作而潛留下來的力量。
正面的反應使我們在修持時更進一步，或增強信心，但也切不可貪染於此，否則也將形成境界上的障礙。因染於此則不捨，不捨則不能再向前進了。因此即使是如此好的反應，也當在明覺後，將之捨下，而求更進一步的提昇。
負面反應顯示出是障礙，那是身心因某種問題的存在，故使調和身心的過程無法順利進行，但並不意味著此障礙的出現便必然是不好的。這種狀況出現只告訴我們身心的問題，只要我們懂得方法來處理這些問題，等問題處理好或解決了，禪境便可再進一層了。因此這種類似逆境者，對行者而言，並不是嚴重的破壞，問題是看在禪者如何去處置他。一般上，對修行止觀法門的完整概念及方法的掌握，對於克服這些反應上是有決定性的作用的。
身心在出現各種反應時，有些是內在的，只是從體內及內心裡產生，並沒有顯現為外在的作用。如此反應則當事者才會較清楚的知道和感受，但對於狀況，也許還不會明白，或如何處理。因此需要與有經驗或知識的老師溝通，從中去明白其狀況，並以方法處理或調整。有些反應則會從外在的現象顯現出來，如身體的擺動，體內某些部位疼痛、絞痛、劇痛；在經行時不能控制地快走或不停的走，也會有大哭大笑類似發泄的行動。
這些情況對於沒有這種經驗及知識者，容易成為一種心理上的恐慌及疑惑，不只行者本身如此，他人也會如此。但對於有過經驗及明白此狀況者，便會以平常心對待。因為在身心整個專精鍛煉的過程中，任何狀況及反應，雖然因人而異，但卻是可能出現的。對於類似情況，老師如有經驗及明白，便會施以適當的手法來協助禪眾安定，並處理。有時會讓禪者先順著身心反應的狀況而發動，才漸漸的將此動況靜止下來，有時則即刻安頓之，這皆視情形及需要而定。
一般上在處理身心反應時，要從觀念上去安頓，讓禪眾明白身心反應的可能性，故在出現時，內心清楚而穩定，消除種種不良心理，如恐懼、疑惑、猜測、亂想等。然後進一步看出反應出自何種原因，生理上的，或心理上的；是正面的或是負面的；是內在的或者顯現於外的。接著才應用方法調整，處理或解決。總之任何反應都應正視之，不以為奇為不正常，並不受其干擾，才能正確的安頓。
有些人以為修禪定或靜坐，就是靜靜的，不應有任何反應或動作，其實並不全然如此。有些修禪者因本身沒有此類經驗，便以為這種現象是「著魔」，是不對的，不應有的。禪修者在修行中不發生此狀況，可能是此人身心健康，狀況良好且平衡，而且宿世慧根深厚，故能在修持上，穩穩上路，間中不遇阻礙及反應。但此類禪者，對於禪修過程及其他禪者的反應及狀況，應會有正確的認識，並能以其豐富的知識來指導他們處理。也有一些禪者因本身在功夫上未能專精及深入，故身心還是處於沒有進一層的調練過程，故沒有出現反應，若沒有真正明白，便可能會視此等反應為反常或魔境了。
總之內外在，身與心，正與負的反應中，並不都是非以發洩式的方法顯現而不能控制的。有些是因為生理狀況太差，體內的自體治療作用通過氣的引動而運作，由於身體健康不好，故阻礙大，氣在引動而運行時，受到了大的阻礙便得大力的沖之，以期能通過而療治之。此時便不易控制身體的搖擺動作了，但如果心調得好，心力提起，還是可以制止並控制的。但若是氣在絞痛體內器官及部位時，那就只能任由其發作了，心只是更專於方法上，讓此作用自行運作並結束。至於心理上的壓力及不平衡，有時借著大哭大笑的方式，能發洩並調整。有時候則是心理從粗、剛的狀態調至細柔的過程，不過在適當的時候也還是需要去控制的，而且不能經常如此，否則便不是身心的自然反應，而是慣性了。是慣性便會形成進步的障礙了。
幾乎大部份的人，在修禪時都應該會有身心反應的，因為我們身心的粗狀態及各種問題都還是存在的，潛深於身心的，但有些則因所學的方法，著重於思想上的觀想而不注重生理與心理的調和；有時則因本身的身心已較深的調和，或處於較細的狀態；也有一些則因個性偏重於理性，故對於直覺的體會非其所長所重，且心力也較強，較能穩定，故在修禪時，明顯的身心反應，尤其是外在的，便少發生了。但有些則較明顯，直接，甚至強烈的。
修禪或止觀，如果是從解脫道的目標著手，那是一個極大的身心調整過程，要將世間的粗俗染著的身心調和為出世間的深細及超越，沒有經過大幅度的調整及更變，如何可能，故其過程中必會出現種種障礙及狀況、反應。問題出在我們是否懂得正視之而處理、解決。因此禪修中，多親近善知識、老師，多參閱有關的資料，並從佛法的正知見為整個修行之基礎的建設及目標的確定，在整個身心以禪修方法的鍛煉、調整中、漸漸的深入，而達到淨化身心，澈見本性，解脫自在的境界。
